Los Pueblos Indígenas Transfronterizos son aquellos cuyos territorios ancestrales quedaron divididos por las fronteras entre países, por estos límites político administrativos que son divisiones ficticias o artificiales para estos pueblos, pero no sin consecuencias.

En América Latina existen actualmente 108 pueblos indígenas transfronterizos. Por ejemplo:

Los Awá, Shuar, Wounan, Pasto, Kofan, Siona y Secoya en la frontera entre Ecuador y Colombia;

Los Kichwa en la frontera trinacional de Colombia, Ecuador y Perú;

Los Tikuna en la frontera de Colombia y Brasil;

Los Emberá y Kuna en la frontera entre Colombia y Panamá;

Los Bribri, Cabécar, Këköldi, Ngobe y Naso entre Panamá y Costa Rica.

En su gran mayoría, sus territorios están divididos entre dos países. Pero algunos Pueblos tienen sus territorios en cuatro países (los Garifuna entre Belice, Guatemala, Honduras y Nicaragua) y hasta en seis países (los Kichwa entre Argentina, Bolivia, Colombia, Chile, Ecuador y Perú).

Estos Pueblos viven una situación de especial vulnerabilidad con respecto a su Derecho al Territorio, dado que los límites político-administrativos de los países no se corresponden con sus territorios ancestrales. Además, comúnmente se ven afectados por la presencia de militares y conflictos armados. Esta vulnerabilidad demanda la adopción de marcos jurídicos y administrativos específicos y armonizados entre países, que permitan la libre circulación de estos Pueblos, y garanticen sus derechos colectivos. Por ejemplo, es necesario que se garantice su derecho a utilizar los recursos naturales tradicionales (alimentarios y medicinales) independientemente de que se encuentren de un lado u otro de los límites administrativos actuales.

Sin embargo, en nuestro continente, únicamente Venezuela reconoce los derechos de los Pueblos Indígenas a aquellos que provienen de países vecinos (ya sea por ser transfronterizos o por haber migrado en busca de una mejor situación o huyendo de la violencia desde Brasil, Colombia o Guyana). Tal es el caso de los Inga, los Caribe y los Makushi, quienes gozan de los mismos derechos que los indígenas que tradicionalmente residen dentro de las fronteras del país.

Dadas las necesidades particulares de los Pueblos Transfronterizos, han surgido dos organizaciones que los representan:

Desde el 2007 los pueblos de la región amazónica de Ecuador, Perú, Bolivia y Brasil, conforman la Red Transfronteriza para la Defensa de los Territorios Ancestrales (RTDTA), con la finalidad de dar visibilizar sus problemáticas como tema de interés regional, y realizar propuestas concretas de integración acordes a los derechos indígenas.

Por su parte, los Bribri, Cabécar, Këköldi, Ngobe y Naso transfronterizos entre Panamá y Costa Rica conforman la Unión de Pueblos Originarios Transfronterizos (UPOT) y señalan como amenazas a sus territorios el establecimiento de Áreas Protegidas como el Parque Internacional La Amistad (PILA) y el Proyecto Binacional sobre la Cuenca del Río Sixaola. Ambos se ejecutan sin procesos de consulta a los Pueblos Indígenas Transfronterizos que dan uso ancestral a esos territorios y recursos naturales.