Esta vía implica la transformación de un municipio donde la mayoría de sus habitantes son indígenas, para constituir un Municipio Indígena, contando para ello con el acuerdo de la mayoría.

En esta forma de autonomía, el gobierno indígena debe gobernar con las leyes del Estado, y a través de los Partidos Políticos. Estos dos aspectos se consideran negativos en el sentido de que los Partidos y Municipios no son instituciones indígenas, por lo que no responden a los usos y costumbres indígenas.

Sin embargo, esta vía es la más desarrollada y ha sido recientemente establecida en Ecuador por medio de la figura de Circunscripciones Territoriales Indígenas (CTIs) y en Bolivia mediante la figura de Autonomía Indígena Originaria Campesina (AIOC).

Algunos Pueblos Indígenas la consideran un camino para la posterior construcción de sus propias formas de democracia y gobierno. Por ejemplo, en Bolivia, una vez que un Municipio se transforma en Municipio Indígena, puede elaborar un Estatuto en el que establezca su gobierno de acuerdo a usos y costumbres de los Pueblos Indígenas.

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