Establecer sus Estatutos, reglamentos y marco jurídico.
El Estatuto del Gobierno Autonómico debe permitir el ejercicio de los derechos indígenas colectivos, y ser elaborado colectivamente con participación de toda la población (mujeres, jóvenes, profesionales, grupos de saber y conocimiento ancestral), y no sólo por los dirigentes. Debe basarse en los procedimientos, usos y costumbres indígenas, y debiera ser aprobado primero por los procedimientos propios indígenas, y recién luego, por el Estado.

Desarrollar Procedimientos de Elección de representantes, que probablemente sea diferente al régimen electoral nacional.

Definir las atribuciones, facultades y competencias del Gobierno Autonómico.

Construir las formas de relación con otras entidades del Estado y de otros territorios indígenas.

Elaborar la forma de lograr independencia y sostenibilidad económica, o bien la forma de dar participación al Estado, manteniendo autonomía.

En la construcción de los nuevos Gobiernos también es necesario tener en cuenta cuestiones que constituyen un desafío: la construcción de institucionalidad en territorios compartidos por varias comunidades (territorios multicomunales) o por varios Pueblos Indígenas (territorios multiétnicos); la construcción de institucionalidad en contextos inter-étnicos donde conviven indígenas con no-indígenas; y el lugar de lo consuetudinario frente a las formas organizativas modernas.