Uno de los nuevos desafíos en el establecimiento de Gobiernos Autonómicos, es la relación que los Gobiernos Indígenas van a establecer con los gobiernos locales y el Estado Central o Nacional, y el grado de autonomía o dependencia que habrá con el Estado.
En Bolivia, las Autonomías Indígenas Originarias Campesinas (AIOC) tendrían poder autónomo, sin depender de nivel nacional estatal para establecer sus decisiones y prioridades. Sin embargo, la obtención de recursos financieros para financiar las autonomías en educación, salud, y el saneamiento exigen formas de coparticipación.
En Ecuador no está claro cuál será el grado de autonomía de las Circunscripciones Territoriales Indígenas (CTI), puesto que dependerá de los Estatutos que desarrollen, pero no se sabe lo que ocurrirá por ejemplo con CTIs pequeñas.
Aún permitiendo constitucionalmente la Autonomía Indígena, los Estados Centrales conservan competencias que les son exclusivas, como la seguridad externa, la política fiscal, el manejo de la Macroeconomía y los sectores estratégicos (Minería, Petróleo, Energía Eléctrica, Industria, Sector Agroalimentario), incluyendo la propiedad de los recursos naturales del subsuelo.
