El proceso de territorialización implica nuevos desafíos de organización para los Pueblos y Organizaciones Indígenas, para la administración y gestión de sus territorios.
La Gobernanza territorial implica a menudo el paso desde una forma de organización comunal (sobre áreas pequeñas, las tierras de la comunidad) hacia formas de organización colectiva de grandes territorios en los que habitan decenas de comunidades que deben acordar las normas y políticas que regirán en sus territorios.
En América Latina, el derecho indígena a la gobernanza ha sido consagrado en las Constituciones Nacionales de varios países. En Bolivia, la Constitución Nacional del Estado (2009) garantiza a los Pueblos Indígenas su libre determinación en el marco de la unidad del Estado, que incluye su derecho a la autonomía, al autogobierno, a su cultura, y al reconocimiento de sus instituciones. En Ecuador, la Constitución Nacional (2008) establece los derechos de las Nacionalidades Indígenas a la autonomía política-administrativa y jurídica, tanto para el manejo de sus asuntos internos como para las relaciones con organismos públicos y privados.
