Los Pueblos Indígenas tienen sus propias estructuras, sus instituciones y sus formas de gobernanza. Al mismo tiempo, sus instituciones interaccionan con las estructuras de gobierno, a nivel nacional, regional o municipal; y de esa relación dependen en buena medida, las posibilidades de desarrollo sostenible y efectivo de las comunidades.

Los indígenas deben tener la oportunidad de participar en la toma de decisiones de sus países, como cualquier ciudadano. Pero además, tienen derecho a participar desde su propia visión o cosmovisión, algo que a menudo les es negado por los Gobiernos y las instituciones sectoriales.

La Gobernanza Indígena implica que en la forma de gobernar, sean reconocidas la diversidad de cosmovisiones, valores y tradiciones culturales que caracterizan a los Pueblos Indígenas; de manera de propiciar una toma de decisiones auténtica, y el control local. El desafío de la Gobernanza Indígena es la participación de los indígenas en las decisiones de gobierno y la sanción de leyes de acuerdo a sus usos y costumbres, la cual se considera fundamental para la protección de sus derechos, y para establecer indicadores de progreso culturalmente pertinentes.