En el período colonial, los pueblos indígenas fueron dominados institucional, jurídica, religiosa y territorialmente por la corona española. A inicios del siglo XX, la nueva república estableció una política de integración que continuó debilitando sus formas de organización tradicional, en pos de la unidad nacional. Las revoluciones alfarista y juliana, la Constitución de 1945, y los regímenes militares de los años 60 y 70, prosiguieron con la cristianización, la escolarización y la ciudadanización de los indígenas. Esa visión etnocentrista prosiguió durante la segunda mitad del siglo XX con el indigenismo, política aplicada desde la sociedad dominante y el Estado hacia los indígenas.

En 1964 se descubren las reservas petroleras del Lago Agrio. A partir de entonces, el gobierno impulsa la explotación de Petróleo, gran parte del cual se encuentra en la Amazonía. Durante los 70 y primera mitad de los 80, los grupos sociales dominantes se beneficiaron de la explotación petrolera.

Paralelamente, las Nacionalidades comienzan a organizarse para reclamar sus tierras y durante los 80 realizan diversas propuestas. Pero hasta 1990, los gobiernos militares y civiles, demócratas y socialcristianos, consideraron que la única posibilidad de acceder a derechos territoriales era por la vía de la propiedad civil, y continuaron ampliando la frontera extractiva.

En ese contexto se forma en 1986 la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador (CONAIE), y en la Amazonía central, la Organización de Pueblos Indígenas de Pastaza (OPIP) estableció en Sarayaku, una primera propuesta para declarar al Estado ecuatoriano como plurinacional, legalizar los territorios indígenas y paralizar las actividades petroleras. Esas propuestas fueron presentadas públicamente en 1990, y el presidente Borja las rechazó de plano.

No fue hasta la gran marcha indígena de 1992 organizada por la OPIP que se reconoció la titularidad indígena de los territorios Zápara, Shiwiar, Kichwa y Achuar, los que representaban un 60% de los territorios demandados. Sin embargo, no se reconoció la posibilidad de establecer gobiernos autónomos. El 40% restante de los territorios demandados quedó en manos militares al declararse como “franja de seguridad nacional”.

Durante los 90 se siguió expandiendo la frontera extractiva de petróleo sobre el Parque Nacional Yasuní y los territorios Huaorani, Kichwa de Pastaza, y Shuar de Morona Santiago, y se continuó incrementando la pobreza. Esto dio lugar a la formación de importantes organizaciones indígenas en el centro sur amazónico: los Kichwa de Pastaza, Shuar y Achuar; quienes conservan las mayores unidades territoriales indígenas, e importantes grados de autonomía.

La Constitución de 1998 reconoció expresamente a los pueblos indígenas autodefinidos como Nacionalidades, pero legitimando el modelo neoliberal. En sus artículos 83 y 84 incluyó los derechos colectivos del Convenio 169 de la OIT sobre Pueblos Indígenas, a pesar de lo cual Ecuador no construyó la institucionalidad necesaria para garantizar esos derechos. Esencialmente, se abrió la posibilidad de crear Circunscripciones Territoriales Indígenas que reemplacen los gobiernos locales, pero no se establecieron sus competencias, ni se les asignó recursos económicos.

En el año 2008 fue sancionada la Nueva Constitución del Ecuador, que sentó las bases para la autonomía de las Nacionalidades, y el establecimiento de una nueva forma de organización político-territorial.

Las Nacionalidades continúan trabajando por su acceso a la autonomía plena, y actualmente, esa iniciativa está tan vigente como el reclamo por el territorio y la autodeterminación.